אם כך, בזמן הגמרא המילה הראשונה שבה היה נפתח היום היתה "א-לקי", ואילו כיום המילה הראשונה שבה אנו פותחים את היום היא "מודה". נראה, שבסופו של דבר, הרעיון של שני הדברים הוא זהה.

בתוך ברכת 'א-לקי נשמה' אנו מכריזים: "כל זמן שהנשמה בקרבי מודה אני לפניך…". יסוד ההודאה הוא המרכזי, ובו יש לפתוח את היום, ולכן זה המסר המרכזי של 'מודה אני'. אנו נקראים "יהודים". המילה יהודי נובעת מהלשון של "תודה": "הפעם אודה את ה', על כן קראה שמו יהודה" (בראשית, כ"ט, לה. עיינו ברכות ז:, שזו הפעם הראשונה שאדם הודה לה'). תודה היא מלת מפתח בעולמו של יהודי.

מרן הרב קוק (עולת ראיה, על "מודה אני") מסביר שאמירת 'מודה' איננה רק אמירת תודה. אמירת 'מודה' היא גם הודאה על האמת, הבנה, שכל מה שיש לנו הוא מאת ה'. ממילא כאשר אדם מבין זאת, הוא מבין שבאמת לא מגיע לו כלום, וממילא הוא צריך להודות לקב"ה על כל מה שנתן לו. הודאה זו נותנת בו שמחה מיוחדת, ביודעו את כל הטוב שהקב"ה מטיב עם בריותיו. רק כאשר האדם מודה ומבין מניין המקור להכל, הרי שהוא יכול לומר "אני". כעת יש משמעות לקיומו של האדם.

משמעות פתיחת היום ב'מודה אני': יש משמעות מיוחדת למילה הראשונה שאנו מוציאים מפינו כשאנו מתעוררים (עיין בצוואת הבעש"ט, צוואת הריב"ש אות כה; של"ה שער האותיות; קב הישר ב'; שלחן הטהור ג', ועוד). לכן, יש משמעות מיוחדת לכך, שהמילה הראשונה שבה אנו מתעוררים היא תודה לקב"ה. המשפט שבו אדם פותח את היום, משפיע על היום כולו. כשאדם קם, הוא איננו מהרהר בדברי חולין, איננו מדבר עם חבירו או אפילו עם משפחתו. תחילה לכל, הוא מדבר עם הקב"ה. מילותיו הראשונות הן תודה לקב"ה, והכרה שהכל בא ממנו. כעת כל מהלך יומו, ינבע מאותה קדושה מיוחדת שבה התחיל את יומו, מאותה תודה ומאותה שמחה

.